生信技能树的粉丝都知道我们有一个全国巡讲的良心学习班,口碑爆棚,生物信息学入门省心省时省力!教学团队在生信菜鸟团博客、生信技能树论坛及同名公众号数万篇教程的基础上,经历7年沉淀和发展,探索设计了一套完全适合初学者入门且富有趣味的课程,循序渐进地带你越过初学生信的障碍,用优秀的数据分析与可视化技能为科研和工作增光添彩。目前团队成功举办的课程有:
而且我们一直在收集学员们的反馈,逐步改进课程内容设置,研发好授课技巧,注重学员回访,一起进步!
历届收集到的反馈很多,可谓好评如潮:
广州:5.2-5.3,成都:5.15-5.16,长沙:5.22-5.23
上课时间早九晚六,详细地址将于开课前在微信群具体告知!
另外的两周线上课程安排请看下面的课表:
课程表
第一天上午
9:00-10:25 R语言入门
1.R语言简介
2.R软件和Rstudio的安装
3.Rstudio的介绍、设置和使用
4.适合生信入门的R语言学习路线
5.Rproject与工作目录
6.R语言数据类型介绍
10:35-12:00 数据管理
1.R语言数据类型的判断和转换
2.数据结构介绍、生成和运算
3.数据筛选和修改
4.数据结构判断及转换
第一天下午
2:00-3:25 函数与R包
1.函数与参数介绍
2.自定义函数编写
3.R包的三大来源及对应安装函数
4.典型R包举例
6.R语言镜像设置的两种方法
5.R包安装和使用的逻辑
7.获取帮助的几种方法
8·初学者常见的R包五大报错及解决办法
9.R包进阶:批量安装和避免重复安装
3:25-4:55 数据读写与R语言绘图
1.R语言数据读入和写出的几对函数
2.R语言内置数据
3.工作目录管理范例
4.R基础包的高级、低级绘图函数和绘图参数
5科研绘图必学ggplot2和ggpubr
6.一页多图和图片保存
7.R语言绘图案例:热图、火山图、PCA、箱线图
8.各种统计分布
5:05—6:00 R语言进阶应用
1.条件与循环语句及其应用
2.长脚本管理方法
3.tidyverse三大包的应用
4·批处理函数(apply系列)
第二天上午
9:00-10:25 GEO数据库挖掘介绍
1.GEO数据库介绍
2.课题设计思路和数据分析流程介绍
3.几篇典型文献解读
4.不同种类的数据区分
10:35-12:00 GEO数据挖掘实战(上)
1.R包安装与数据准备
2.数据下载与读取
3.芯片注释与分组信息的获取
4.数据质控—PCA、热图、相关性
5.差异分析及结果整理
第二天下午
2:00-2:30 彩蛋时间
1.搜索技巧、学习方法、效率工具
2.文献查找、翻译、下载、管理工具
3.PPT技巧、云同步工具、优选学习资源
2:30-3:25 GEO数据挖掘实战(中)
1.GO和KEGG富集分析
2.多分组的芯片分析策略
3.多个数据集联合分析
3:35-4:55 GEO进阶和应用(下)
1.string网页工具获取ppi
2.cytoscape网络图
3.ppi子网络的拆分
4.hub基因获取
5:05-6:00 文章解读和复现
1.文章思路介绍与解读
2.图表重现
3.答疑和交流
考虑到Linux和转录组部分分析难度较高,两天能接受的知识有限,我们将后半部分课程拉长战线,采用两周线上直播互动课的形式,将于5月17日到5月29日统一授课,每周五天*3小时(北京时间晚上8~11点),周三周日休息,并提供全部线下+线上直播录屏给大家!
5月17日-5月22日 Linux基础
1.服务器登录
2.Linux操作系统认知
3.基本文本文件及目录操作
4.vim编辑器的使用
5.文本处理三驾马车(awk,sed,grep)实战演练
6.conda管理生物信息学软件
7.shell脚本编程及任务提交
5月24日-5月30日 转录组
1.生物信息学常见数据格式,fastq,fasta,sam,bam,gff,gtf
2.转录组背景知识
3.转录组上游流程,文献测序数据下载到质控,比对,定量,拿到表达矩阵
4.转录组下游分析,3大R包走转录组表达矩阵的差异分析,富集分析,GSEA
5.其它NGS组学介绍
课程穿插练习,讲练结合,充分互动,强调在实战中进步。讲师分章节授课及答疑,突发情况可求助我们的助教团队(线上线下均可哦),课堂进度也会根据学员们的理解程度灵活作调整。
课程提供录屏,录屏播放次数无限制,有效期一年哦!
报名方式
报名费3699元,包含两天加两周的全部学费,可开据发票。本月的三场线下课程均可报名:
广州:5.2-5.3,成都:5.15-5.16,长沙:5.22-5.23
添加小助手微信即可咨询报名。⏬
学员福利
报名的学员可免费享受以下5个福利:
价值3000+的Linux系统入门视频及配套习题免费领取
Linux云服务认识及登录
操作系统目录和文件操作
文本处理基础及进阶三驾马车
元字符,通配符及shell中的各种扩展
软硬链接,绝对路径和相对路径,环境变量
任务提交及批处理
软件安装及管理
其它视频课程及PDF书籍全套
价值3000+的R语言系统入门视频及配套习题免费领取
了解常量和变量概念
加减乘除等运算(计算器)
多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子)
多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表)
文件读取和写出
简单统计可视化
无限量函数学习
其它视频课程及PDF书籍全套
价值3000+的RNA-seq数据分析视频及配套习题免费领取
RNA-seq我们在生信技能树应该是至少推出了400篇教程,而且是我们全国巡讲的标准品知识点,其中还有一个阅读量过两万的综述翻译及其细节知识点的补充:
但凡有Linux基础以及R语言认知,听完了我B站的RNA-seq分析流程都是可以迅速上手自己的项目啦!
而且我们还继续赠送单细胞转录组数据分析课程!
价值3000+的GEO和TCGA数据挖掘视频及配套习题免费领取
GEO数据挖掘视频我们已经打磨好了多套无脑代码,在:一个甲基化芯片信号值矩阵差异分析的标准代码 ,和免费的数据分析付费的成品代码 。当然了,需要你具备R语言基础知识,才有可能看得懂和使用我们的完美代码!再比如3年前的收费视频课程:3年前的GEO数据挖掘课程你可以听3小时或者3天甚至3个月,也是直接免费在B站:
这个课程超级棒,B站免费学习咯:https://m.bilibili.com/video/BV1dy4y1C7jz 配套代码在GitHub哈:https://github.com/jmzeng1314/GSE76275-TNBC TCGA数据库挖掘,代码在:https://github.com/jmzeng1314/TCGA_BRCA GTEx数据库挖掘,代码在:https://github.com/jmzeng1314/gtex_BRCA METABRIC数据库挖掘,代码在:https://github.com/jmzeng1314/METABRIC
然后马上就有了一千多学习量,而且有学员给出来了图文并茂版本万字笔记,让我非常感动!扫描下面二维码马上就可以学习起来啦,笔记需要至少半个小时来阅读哦!
当然,前提是你至少生信入门了!不然,海量的学习资源对你来说仅仅是空中楼阁。
关于TCGA数据挖掘,大多数需求其实也就是差异和相关性,生存分析等等,我们的视频目录如下:
P1-TCGA-101-课程介绍-需要哪些背景知识
P2-TCGA-102-课程导读-如何使用我的github代码
P3-TCGA-103--TCGA数据库大有作用-不仅仅是灌水
P4-TCGA-201-背景介绍及网页工具大全
P5-TCGA-202-其它数据库介绍
P6-TCGA-203-使用Xena网页工具
P7-TCGA-204-使用firehose网页工具
P8-TCGA-205-文章规律讲解
P9-TCGA-301-数据下载方式导言
P10-TCGA-302-GDC下载数据实战
P11-TCGA-303-GDC数据整理
P12-TCGA-304-GDC下载数据续集
P13-TCGA-305-R-TCGA包下载数据及数据提取
P14-TCGA-306-使用GDC和firehose下载-TCGA的胃癌的甲基化信息数据
P15-TCGA-307-使用GDC和Xena下载RNA-Seq的表达矩阵并且比较
还有很多学员笔记:4个小时TCGA肿瘤数据库知识图谱视频教程又有学习笔记啦
价值3000+的表观调控等多组学分析视频及配套习题免费领取
01 果蝇参考基因组和注释文件准备
02 文献测序原始数据下载
03 ChIP-seq 数据质量控制与过滤
04 ChIP-seq 数据从比对到 Peaks calling
05 RNA-seq 数据从比对到定量
06 用幕布展示此课程目录
07 验证目标基因的指定外显子 knock out 是否有效
08 多个样本基因信号矩阵来相关性计算与可视化
09 对RNA-seq数据找差异基因以及可视化
10 根据差异倍数来计算样本间相关性
11 使用 ChIPseeker 对单组 Peak 进行注释与可视化
12 对多组 Peaks 进行批量注释与可视化
13 通过 bw 文件来计算 ChIP-seq 样本间相关性
14 探索ChIPQC 包用法并且查看 ChIP-seq 数据质量
15 最新版参考基因组注释peaks之果蝇 dm6
16 样本间 Peaks 交集韦恩图
17 基因组版本注释转换
18 使用 R 和 linux 对多个 bed 进行骚操作处理
19 对单个 bed 文件和 bw 文件可视化
20 多个 bw 文件进行可视化
21 获得差异表达基因 bed 文件
22 对多个基因集进行富集分析
如果你是生信技能树真爱粉,其实你这时候应该明白了, 上述视频课程虽然写着价值3000+,但实际上我从来没有收过大家一分钱,早就免费发布在B站了。
如果你确实是第一次接触我们生信技能树,那么首先恭喜你,你找到家了,先看看我们以前的成果:
根据我与几千名粉丝的沟通得出了一个结论,资料其实并不缺,大家缺的是第一步,是互动是耐心帮你解决最开始的拦路虎这样的服务,所以我们才有线下全国巡讲,亲自上门帮你解决电脑面前的报错,让你的入门不再忐忑。预祝2021年的你,在我们友好的教学团队带领下入门后,生信技能树历史教程合辑会成为你真正的宝藏!
还有惊喜福利
我们每个讲师都会给大家准备几个独家技能小福利
搜索技巧、学习方法、效率工具;
文献查找、翻译、下载、管理工具;
PPT技巧、云同步工具、资料推荐。
是否包教包会?
我们不希望看到死缠烂打,胡搅蛮缠的学生,那些自己从来不主动学习,不按照教学计划看视频加完成作业的请不要报名,免得到时候大家都闹心!
然后,大家其实看得出来,我们的教学更加注重基础知识,因为我们都是跨专业一点一滴学过来的,大家入门的痛苦我们都懂,很多朋友没有任何R基础就跑去学单细胞数据处理,只能是走一步摔一跤,还不如爽快一点,在你的2021,抽出时间,跟着我们生信技能树教学团队一起攻克Linux和R,后续数据分析的提高,我们在生信技能树/生信菜鸟团还有1.3万篇教程,其中至少有1427篇数据分析实战教程可以说是涵盖了一个全栈生信工程师技能的方方面面!
2021全国巡讲全球听的全新教学项目不包含哪些?
我们不免费提供私人项目咨询服务,仅仅是基础技能教学,我们的理念是让更多人有能力玩转自己的数据,而不是我们替你做分析,我们的目标是培养10万生信工程师!
我们也不提供个性化分析答疑,比如你的WGCNA项目为什么那么奇怪,需要 调整那些参数?你的多个数据集矫正批次效应为什么用了我们生信技能树教程代码仍然不理想?你的GSEA分析为什么不显著,还可以测试哪些统计学方法这样的。但是如果你的疑惑具有普遍性,我们会尽快写成教程在微信公众号推文发出去,比如 对转录组测序的counts矩阵去除批次效应 。
我们就是干干净净的教学,帮助你克服困难安装及打开rstudio,在里面敲代码自由自在的玩转各种统计可视化函数。帮你认识Linux服务器,了解NGS数据的上游分析是什么,完完整整的跑一个RNA-seq数据分析流程。
是否有优惠
没有优惠的。如果是录制好的视频,我可以免费送给所有人看,这个没有问题,因为边际成本为0,但是如果要答疑,一般来说肯定就得收费了。我们的全球直播课程,人力资源消耗更是明显,讲师团队,助教团队,准备工作,答疑,发票,财务等等,都不是靠爱发电的。如果你确实没有经费,尽量自己听我们的免费视频,免费代码,多看教程,只是会多走一些弯路,慢一点学会而已,比我们四五年前自己瞎摸索好多了,毕竟你们有生信技能树作为你的靠山。但是作为公司,我们只能提供服务给能负担得起的客户,希望你理解!
如果你觉得我们免费提供了那么多资料你都不好意思不付费,但是确实捉襟见肘呢,也可以把这个课程推荐给你身边的博士后以及年轻生物学PI,我始终觉得,他们每个人都需要参加这个全国巡讲入门课程。因为术业有专攻,他们生物学背景知识非常好,科研思维能力很强,但就是数据认识不足,这个短板,值得花时间在我们这里解决掉。
报名方式
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